Tenchu Z — дом Годы, где проживает клан ниндзя Адзума на службе у лорда Годды, находится на грани войны с соседней страной Огавара. В качестве новобранца клана ниндзя Адзума главный герой отправляется убивать тех, кто помогает стране Огавара, включая армейских генералов и шпионов, проникших в Дом Годда, а также возвращать украденные предметы и спасать заключенных. В перерывах между срывом планов страны Огавары главный герой также получает миссии, в которых он устраняет злых людей, таких как жестокие монахи и жадные торговцы. Между сюжетом Tenchu Z и предыдущими играми нет никакой связи, и нет никаких возвращающихся персонажей, за исключением Рикимару и Лорда Годы.